La structure de données d'imagerie cérébrale (BIDS): un aperçu général
Table des matières
Qu'est-ce que le BIDS?
Brain Imaging Data Structure (BIDS) est une norme élaborée par la communauté pour organiser et décrire les ensembles de données de neuroimagerie. Elle fournit une structure de dossiers, une convention de nommage des fichiers et un format de métadonnées cohérents afin d’améliorer le partage des données, la reproductibilité et la compatibilité avec les logiciels de neuroimagerie. BIDS est également une initiative portée par la communauté qui fournit des ressources et des outils favorisant la normalisation et le partage des données entre plusieurs modalités, notamment des logiciels développés par la communauté et des applications BIDS.
Pourquoi utiliser BIDS?
Les études de neuroimagerie génèrent des ensembles de données complexes dont l’organisation varie souvent d’un groupe de recherche à l’autre. En l’absence d’une norme commune, les chercheurs peuvent passer beaucoup de temps à comprendre les structures de dossiers, à renommer des fichiers ou à adapter des scripts d’analyse.
BIDS offre une méthode cohérente pour organiser les données de neuroimagerie et les données comportementales associées, ce qui facilite la compréhension, le partage et l’analyse des ensembles de données. Cette normalisation facilite l’agrégation des données et le partage d’ensembles de données volumineux entre les études et les institutions. Par exemple, en rendant les ensembles de données cohérents et interopérables, BIDS prend en charge les analyses à grande échelle et permet aux chercheurs de combiner des données issues de plusieurs projets pour mener des études inter-cohortes. BIDS permet également de relier des données de neuroimagerie provenant de différentes sources, ce qui multiplie les possibilités de collaboration et de réutilisation des données.
Avantages
Organisation standardisée
Structure de dossiers et nomenclature des fichiers cohérentes
Collaboration améliorée
Plus grande facilité à comprendre et à partager les ensembles de données
Recherche reproductible
Favorise la cohérence des flux de travail d’analyse
Compatibilité logicielle
Compatible avec de nombreux outils de neuroimagerie
Partage efficace des données
Simplifie la soumission sur des plateformes telles qu’ARCHIMEDES
Comment utiliser BIDS?
BIDS peut être intégré à toutes les étapes du processus de recherche, offrant ainsi une structure standardisée allant de l’acquisition des données à leur partage et à leur analyse.
Acquisition IRM
Images DICOM
Conversion NIfTI
Organisation en BIDS
Validation de l'ensemble de données
Téléchargement vers ARCHIMEDES
Exécution des pipelines de traitement
Comprendre la structure BIDS
Exemple d'ensemble de données BIDS:
MyStudy/
dataset_description.json
participants.tsv
sub-001/
anat/
sub-001_T1w.nii.gz
func/
sub-001_task-rest_bold.nii.gz
dwi/
sub-001_dwi.nii.gz
| Dossier | Contient |
|---|---|
| anat | IRM structurelle |
| func | IRM fonctionnelle |
| dwi | IRM de diffusion |
| fmap | Carte fonctionnelle |
| pet | TEP (tomographie par émission de positons) |
| eeg | EEH (électroencéphalogramme) |
| meg | MEG (magnétoencéphalographie) |
Remarque: la liste ci-dessus répertorie les dossiers de modalités les plus courants, mais il ne s’agit pas d’une liste exhaustive des modalités de données BIDS prises en charge.
Pour obtenir la liste complète des types de données, des structures de dossiers et des conventions de nommage pris en charge, veuillez vous reporter à la spécification officielle de BIDS.
Intégration de BIDS à ARCHIMEDES
ARCHIMEDES prend en charge les ensembles de données au format BIDS afin de faciliter:
L'ingestion standardisées des données
La validation automatisée
Les pipelines de traitement reproductibles
La gestion cohérentes des données
Le partage sécurisé des données
Avant le téléchargement
ARCHIMEDES donne accès au validateur BIDS via son environement CBRAIN intégré, ce qui permet aux utilisateurs de vérifier que leurs ensembles de données sont conformes à la spécification BIDS avant leur traitement ou leur analyse.
Quelques questions fréquentes
Dois-je renommer chaque fichiers manuellement?
Non. Plusieurs outils permettent de convertir automatiquement les ensembles de données au format BIDS. Découvrez les outils disponibles ici.
Le BIDS est-il réservé à l'IRM?
- Non. Le BIDS prend en charge de nombreux types de données de neuroimagerie et physiologiques, notamment l’EEG, l’iEEG, le MEG, les données comportementales, la TEP, les données microscopiques, les données issues de la capture de mouvement, le NIRS et la MRS. Vous pouvez consulter les différents modèles de modalités ici.
- Il existe également des propositions d’extension BIDS(BEP) existantes et en cours d’élaboration ; il s’agit de processus menés par la communauté visant à ajouter une nouvelle modalité ou un ensemble de types de données à la spécification BIDS.
- Les outils de conversion BIDS existants couvrent les données issues de l’IRM, de la MRS, de la TEP, de la MEG/EEG, de la fNIRS et les données physiologiques.
- Il existe également des tutoriels pour la conversion des données d’Arterial Spin Labelling, d’iEEG, d’IRM et de TEP.
Outils et ressources
Premiers pas avec BIDS
Un guide d’introduction complet destiné aux débutants.
Validateur BIDS
Vérifiez la conformité de votre ensemble de données au format standard.
dcm2niix
Outil standard permettant de convertir les formats DICOM au format NIfTI.
Spécification BIDS
La documentation officielle de la norme, élaborée par la communauté.
HeuDiConv
Convertisseur DICOM flexible permettant d’organiser les données d’imagerie cérébrale dans des structures de répertoires structurées.
Outils supplémentaires
Découvrez des outils permettant d’interroger des ensembles de données, de gérer les métadonnées, d’annoter les données, de les analyser, et bien plus encore.